本所的主要研究领域包括：

　　亚太地区地区的经济、政治、安全、外交、社会和文化问题，其中，重点是东亚、南亚地区主要国家的经济、政治、外交问题。

　　亚太地区地区的合作及发展前景，包括APEC、东盟（ASEAN）、东盟地区论坛（ARF），以及东亚地区的合作。

　　中国与亚太地区主要大国的关系，如中美、中日、中印以及中国与东南亚的关系。

　　亚太地区的社会和文化问题，特别是亚洲现代化与文化的研究。

　　目前，本研究所下设4个研究室和一个中心：

　　经济研究室

　　政治社会研究室

　　安全外交研究室

　　文化研究室

　　朝鲜半岛问题研究中心

　　本研究所还管理三个院级研究中心：

　　亚太经合组织与东亚合作中心

　　澳大利亚新西兰与南太平洋研究中心

　　南亚研究中心

　　亚洲太平洋研究所设有《当代亚太》编辑部，出版中文月刊《当代亚太》及半年刊《南亚研究》。