日本研究所的主要研究活动包括：

　　（1）以个人或集体研究为基础，重点研究当代日本，承担院、所课题，进行专题或综合研究并接受有关部门委托的研究项目。

　　（2）开展学术交流，邀请国外专家学者来所讲学，派遣研究人员赴日本和其他国家从事研究考察、进修等学术活动，与国外有关机构交换资料，举办学术讨论会等。

　　（3）加强全国日本研究机构之间的研究交流与合作、推动信息的交流，组织跨所、跨学科的重要课题研究，以及主管有关学会的日常会务。

　　（4）研究生院日本研究培养以日本为研究方向的博士和硕士研究生