中医系成立于1971年11月。现有中医学、中西医结合学（方向）、中药学三个专业，学制五年。1971年11月，经过一些有识之士积极倡导、不懈努力，创办了青海医学高等教育的一个新的专业——中医学专业。1998年经学院和省教育厅的充分论证，批准创办了中西医结合专业（方向），并开始招收本科、专科和成人教育专科学生；2000年又创办中药专业，年开始招收本科学生。2000年经国务院学位办审核并正式批准，授予中西医结合临床为硕士研究生点，并于2001年9月开始招收研究生。2001年9月，开办中医学研究生课程进修班。2002年月省教育厅批准中西医结合专业为外国留学生培养点，在读韩国留学生2名。中医系形成了以本科教育为主，专科教育为辅，研究生教育为延伸的多学科、多层次的综合性教育体系。

　　中医系自成立至今招收学生27届，为国家培养合格中医药人才1000多名。其中考入外地中医药大学硕士研究生20余名。为省内外各级各类医疗机构输送了一大批素质较高的中医药人才。他们遍布全国20多个省、市、自治区。许多毕业生已成为当地名医、专家、教授和优秀管理人才，为经济、社会发展做出了贡献。有的还在国外攻读学位或行医。目前中医系有在校生454名、硕士研究生8名、研究生课程进修班学员72名，已近期结业。

　　经过多年培养成长，中医系已拥有一支知识和年龄结构较为合理、各层次人员配备比较齐全、团结协作、治学严谨、求真务实、开拓进取、无私奉献的师资队伍。现有教职工42名，其中教授6名，副教授8名，讲师10名，助教5名，硕士研究生导师4名，享受国务院特殊津贴专家2名，青海省名医2名。29名专职教师承担18门主要课程。近年来先后有12名教师考取了博士、硕士研究生学位。医古文、中医基础、中医诊断、针灸、内经等学科教师为全国中医药学会各专业委员会的委员和省中医学会成员，具有较高的学术造诣，在省内外有一定影响，各自成为本学科的学术带头人。

　　“八五”至“十五”期间，中医系共承担中医药科研项目56项，其中国家级课题2项，省级以上课题22项，院级、厅级课题31项，通过鉴定的成果达27项，获各级成果奖18项，其中省部级5项。如“藏医放血部位厘定和层次解剖”获卫生部98年中医药科技进步三等奖，填补了医学院该奖级的空白。中药的应用开发研究得到重视和加强，相继开发了4种新药。结合高原病证特点，中医有关脉象、舌象的研究颇具特色。火针治疗痛风、磁圆梅针治疗下肢静脉曲张得到广泛应用。截止目前，又申请到科研课题6项，资助经费30余万元，正在申报的3项。《中医学基础》被确立为院、省两级重点课程，建设时间三年，共投入建设经费6万元。在此基础上，经学院推荐，省教育厅组织专家评审，又被确立为省级重点课程及省级精品课程，建设时间为三年，投入经费5-6万元。中医基础教研室和中药方剂教研室在2003年3月经国家中医药管理局正式批准为陕西中医学院中医诊断学局级重点学科建设协作单位。建设时间为三年。中医基础教研室李杰教授于今年10月19日在西安参加了国家中医药管理局组织的全国“优秀中医临床人才培养项目”考试，已成功入选，并将获得5万元专项培养经费资助。改革开放以来全系共发表论文1000余篇，50%以上发表在核心刊物上。共撰写、出版学术专著、教材、教参40余部，2002年8月由李杰教授参编的第七版全国高等中医药院校规划教材（国家级）《中医诊断学》已由中医药出版社正式出版。2003年8月李杰教授参编的第五版全国高等医药院校药学专业规划教材《中医药概论》，已由人民卫生出版社正式出版。

　　中医系教学研究机构设有：中医基础理论教研室、古典医著教研室、中药方剂教研室、中医第一临床教研室、中医第二临床教研室、中医药综合实验室及中药植化室、中药标本室、电教室、图书资料室、计算机室等。2003年在院、系领导的支持下，新建中药药剂实验室，进一步改善了办学条件。

　　临床教学实习见习基地为省中医院、省儿童医院、省红十字医院、西宁市第一人民医院等省市级大医院。

　　中医学专业主要课程：中医基础理论、现代医学基础、中医古典医籍、中医诊断学、中药学、方剂学、中医内科学、中医外科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中医儿科学、针灸学、西医诊断学、西医内科学等。

　　中西医结合专业主要课程：中医基础理论、中医诊断学、中药学、方剂学、人体解剖学、生理学、生物化学、病理学、药理学、诊断学、针灸学、中医内科学、中医外科学、西医内科学、西医外科学、中西医结合妇产科学、中西医结合儿科学、中西医结合骨伤科学等。

　　中药学专业主要课程：中医学基础、中药学、方剂学、药用植物学、中药鉴定学、中药化学、有机化学、无机化学、物理化学、分析化学、药理学、中药炮制学、中药药理学等。

　　1992年4月经学院批准成立中医门诊部，门诊部专职工作人员9名。

　　中医系党总支书记文绍敦。

　　中医系主任韩文，副主任李杰。