2001年10月26日中山大学与中山医科大学合并组建成新的中山大学。合校后，学校决定在原中山医科大学基础医学院的基础上成立中山医学院，下设两个系（法医学系、生物医学工程系）和三个部（病原生物学部、药理学部、基础分子医学部），包括21个教研室、四个中心（分子医学研究中心、计算机中心、教学实验中心、外语教研培训中心），1个研究所（中西医结合研究所）。正在筹建心脑血管研究中心、神经生物学研究中心、干细胞与组织工程研究中心、法医学研究所和热带医学研究所等。

　　全院共有1个国家级重点学科（药理学），3个省级重点学科（药理学、病原生物学、法医学），1个博士后流动站，14个博士点，17个硕士点。

　　现任院长是关永源教授，党委书记是郑垣零同志。

　　教师和学生情况

　　教职工480人，其中正高41人、副高104人、中级202人。博士导师33名、硕士导师68名。

　　有博士后研究人员18人，博士、硕士研究生共450人，本专科学生3100人。

　　教学

　　我院承担全校8个专业（临床医学、麻醉学、影像医学、口腔医学、预防医学、法医学、护理学、生物医学工程）全日制本、专科（本科2年半）的医学基础课，成人教育本、专科的医学基础课、全校医科研究生和研究生课程班的基础课、基础医学研究生的专业课等教学任务。现开设必修课19门、选修课24门，其中，人体解剖学和生理学是省级优秀课程，病理学、生理学、人体解剖学、药理学、组织胚胎学、寄生虫学等6门是省级重点课程。

　　1998至今共获得高等教育国家级成果二等奖1项，省级教学成果奖3项（一等奖2项、二等奖1项）。1998至今共获教改课题106项，其中省级以上教改课题5项，主编卫生部规划教材2部。

　　1997年创建的“实验生理科学”课程，已走在全国医学机能实验课改革的最前列，被教育部列入“高等医药教育面向21世纪教学内容与课程体系改革计划”，获得了高等教育国家级成果二等奖和广东省优秀教学成果一等奖。

　　科研和学科建设

　　近五年来，我院共获得各类科研项目200多项（其中国家杰出青年基金1项、国家科技部攀登计划1项、国家科技部863项目1项、“973”分题项目3项、国家自然科学基金28项、国际合作项目1项、广东省自然科学基金团队项目3项、CMB基金4项）；总金额约人民币1974万元，美元87万元；获得厅局级以上成果奖64项（其中国家科技进步奖1项）。

　　国家级重点学科——药理学是我国首批博士点，神经药理、心血管药理的研究在国内外具有一定影响力，近几年来获得国家及省部级以上科研基金688万元。

　　省重点学科病原生物学在疟疾、血吸虫病、肝吸虫病分子诊断，恶性疟原虫疫苗，机会致病原虫病、血吸虫病分子生物学及流行病学等方面有深入的研究。

　　法医学系是广东省重点学科、是我国最早的法医学硕士、博士学位授予点。自1984年成立以来，为省内外公检法部门培养了353名本科法医专业人才。1998年成立的法医学鉴定中心适应了社会发展与改革的需要，在2000年被广东省政府指定为医学鉴定单位。

　　科技成果转化

　　中山医学院在科研成果转化成生产力方面已取得较显著成绩，如：“妇康”卫生巾、复方血栓通等产品已产生较好的社会效益和经济效益。科研成果转化产生的效益已有500万元投入到学科建设，同时也为改善教职工福利、稳定教师队伍也起到了重要作用。

　　2000年科技开发部获得一项教育部科技进步一等奖（推广类），并获国家中医药管理局2000年度重点成果推广计划项目。