目前，有机所的科研方向包括了有机化学学科的全部方向：海洋天然产物研究、生物有机化学、有机合成、有机分析和物理有机。其中，海洋天然产物研究和生物有机化学是我们最具特色的两个方向。

　　天然物研究室和是我国最早开展海洋天然产物研究的单位。其研究学术水平在国内居领先地位，在国际上亦有较大影响。曾获国家自然科学基金“六五”重点项目、“七五”重大项目和“八五”重点项目，也是“八五”国家科技攻关项目“南沙群岛及其邻近海区综合科学考”的主要参加单位，1999年又获得一项国家自然科学基金的重点项目。近二十年来已经从海洋生物中发现了100多个新化合物和多种有显著抗肿瘤、抗病毒、抗真菌、抗老年痴呆活性的新物质，研究成果先后获得“国家自然科学三等奖”、“国家教委科技进步一等奖、二等奖、三等奖”，“广东省自然科学二等奖”，“科技成果三等奖”，“中国科学院自然科学一等奖”等多项奖励。近年我们又与微生物工程和基因工程的专家合作，开始了属于可持续发展的课题之海洋微生物活性成分的研究并取得了可喜的成果。

　　生物有机研究室是国内化学学科最早开展生物化学和生物有机化学教学与研究的单位之一，在国内有较大的影响。多次获得国家和广东省自然科学基金，近年在生物转化、有机分子对重要生物分子的识别、生物活性物质的结构改造及其作用机制等方面取得较好的成果。2000年在生物转化研究方面获得了国家自然科学基金重点项目资助。

　　有机合成、有机分析和物理有机是有机学科的三个传统方向，我们在这三个方向上主要课题有：天然产物合成、药物合成、酶合成、合成方法研究、中草药有效成分的分离和结构测定，有机手性药物的色谱拆分方法、有机物分离分析方法研究、电荷转移络合物结构与性能研究、有机光电材料研究等。

　　近十多年来，我们在复杂结构的生理活性物质的合成领域取得较大进展，多次获得国家自然科学基金和教委博士点基金的资助。先后完成了多种天然产物，如喹啉酮、包公藤甲素、肉芝软珊瑚素、肉芝软珊瑚酮、马氏软珊瑚醇、抗肿瘤海洋环肽、栗甾酮类似物以及昆虫保幼激素和蜕皮激素类似物、异长叶烯酮等的合成。在国家基金连续多年的资助下，我们在联芳香类化合物的合成、拆分和不对称合成方法及应用方面取得了较好的成绩，并获得了一项中国发明专利“旋光性1，1‘-联-2-萘酚的制备方法”。近三年仿生氧化偶合合成光活性物质的研究又获得国家基金资助。

　　我校有机化学学科是我国最早开展物理有机化学教学和科研的单位之一。曾几次获国家自然科学基金资助，在吡啶环上氮原子的电性研究、Diels-Alder反应机理和应用研究、有机电荷转移络合物的导电性能及其应用研究等方面，取得较好的研究成果。近年开始对有机光电材料进行研究，已获得广州市科委基础应用研究基金资助。

　　我们也是全国最早进行有机分析教学和科研的单位之一，是全国有机分析学术组织的发起单位之一。我们在有机分析方向主要进行中草药有效成分的分离和结构测定，有机手性药物的色谱拆分方法、有机物分离分析方法研究。近三年在国家自然科学基金资助下，环糊精类手性键合色谱固定相的研究取得了显著的成果，合成了几种不同类型的环糊精及其衍生物的手性键合固定相，并用于几十种手性化合物的拆分。

　　以上各方向的研究有交叉、有合作，较好地利用了整个学科的优势。目前在研的项目34项，经费总和逾500万元。近年，我们从主要注重基础研究转向基础研究和应用研究并举，应用研究领域中药物开发、中药现代化、新型光电有机材料是我们的重点目标，2000年我们获得的地方政府和企业横向课题经费近两百万。此外，我们加强了与国际国内高校与科研机构的合作与交流，采用请专家来讲学和派教师进修或开展合作科研等多种方式。因此，我们有望在科研上取得更大的成绩，学科得到更好的发展。

　　我所拥有Waters公司生产HPLC仪器，LABCONCO公司生产高真空冻干机，Shimadzu （岛津）UV-169A紫外分光光度计，上海TGL-16G冷冻离心机，宁波AU3030空气压缩机，江苏HY-4型多用调速震荡器，北京DF-D电泳仪，自动数字旋光光度计和气相色谱仪。最近我们所准备引进一台超临界萃取仪。

　　我们十分重视本科生和研究生的教学改革和教材建设，近三年我们出版了4本教材，其中两本研究生教材，古练权、马林合编的《生物有机化学》（高教出版社）和苏镜娱、曾陇梅《有机立体化学》（中山大学出版社）受到普遍好评；许遵乐、刘汉标、陆慧宁合编的《有机化学实验》在第一版的基础上作了较大的改动，增设了大量设计实验；古练权主编为化学学科学生用《生物化学》由高教出版社作为21世纪教材正式出版。教学研究项目“化学专业《化学生物学》教学体系（教材、实验和多媒体教学）建设”获得全国21世纪世界银行贷款资助。近三年教师们还发表了十余篇教学改革论文，编写了三部讲义，现在正在制作一个可供远程教育用的有机化学教学软件。我们培养的本科生、硕士研究生和博士研究生活跃在化学相关的各个领域，受到用人单位的好评。近几年，硕士生和博士生的招生规模稳中有升，目前在读的研究生中博士生、硕士生各三十余人。近几年我们还接收了4名博士后、进修教师5人和2名留学生。