船舶工程学院设“船舶与海洋工程”、“港口航道与海岸工程”、“水利水电工程”、“水文与水资源工程”4个本科专业，具有“流体力学”、“船舶与海洋工程结构物设计制造”、“港口、海岸及近海工程”3个硕士学位授予权，其中“流体力学”、“船舶与海洋工程结构物设计制造”具有博士学位授予权，设有“船舶与海洋工程”、“力学”2个博士后科研流动站。其中“船舶与海洋结构物设计制造”学科是国家级重点学科，“智能水下机器人技术”实验室为国防重点实验室。该院的前身是我校“哈军工”时期创办的骨干系，创建于1953年。1955年开始招收硕士研究生，1982年招收博士研究生，1989年建立博士后科研流动站，是我国船舶工业和海洋开发人才培养的重要基地。

    该院学习环境优越，师资力量和科研实力雄厚，现有教授24人（其中博士生导师15人），副教授和高级工程师41人。近年来该院教师发表学术论文650余篇，出版专著、教材38部，有62项科研成果获国家级和省部级奖。该院的船舶与海洋工程流体力学学科点是国际船模拖曳水池会议（ITTC）成员单位，船舶与海洋工程结构力学学科点先后有4名教授任国际船舶与海洋工程结构会议（ISSC）的技术委员会委员。该院与加拿大诺瓦斯克蒂亚大学、德国汉堡大学造船学院、日本长崎综合技术大学、大阪府立大学、俄罗斯圣彼得堡国立海洋技术大学造船学院和乌克兰尼古拉耶夫造船学院有着长期紧密的合作关系。该院有两个学科已入围国家“211工程”重点学科建设行列。