基础医学院始建于1952年原名为基础部，1996年更名为基础医学院。她是集基础医学教学、科研和实验为一体的综合性学术部门，承担全校各院系多层次、多专业的医学基础课程，并为研究生开设高级医学理论和实验课程。学院下设13个教研室（人体解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、医学生物学教研室、生理学教研室、生物化学教研室、微生物学教研室、寄生虫学教研室、微生态学教研室、免疫教研室、病理学教研室、病理生理学教研室、药理学教研室、卫生学教研室、外语教研室）及一个分析测试中心和一个机能实验室。
　　
　　学院有三个二级学科博士授权点（生理学、病理和病理生理学、生物化学）博士生导师13人和十个硕士授权点（解剖学、组织学与胚胎学、生理学、生物化学、微生物学、寄生虫学、病理学、病理生理学、药理学、卫生学）硕士生导师35人。现有教职工222人，其中教授48人；副教授58人。
　　
　　学院设基础医学研究所，下设21个研究室，主要从事医学基础理论与应用研究。学院近五年来承担包括国家自然科学基金在内的各级课题100余项；在各级国际刊物上发表学术论文95篇，在国内专业期刊上发表论文1238篇，获国家、省部和市级科研成果78项，获国家、省级优秀教学成果奖9项。