植物区系地理与民族植物学研究室由原来的植物分类与植物区系研究室和民族植物学研究室整合而成。现有院士1名，博士生导师9名，硕士生导师8名。植物分类区系地理是昆明植物研究所的传统学科和优势学科，而民族植物学则是一门新兴的学科。近年来随着新技术特别是分子生物学技术的发展，植物分类学和植物区系地理学被赋予了全新的含义，植物地理学与植物系统学、分类学、形态学、古植物学结合形成了植物生物地理学。而民族植物学则是一门人文科学与现代科学相结合的交叉学科，在生物多样性的保护、植物资源的合理开发利用和生态环境的恢复与重建方面发挥着重要的作用。目前该研究室主要进行以下几个方面的研究：

　　A.生物地理的研究

　　植物地理分布与植物系统演化相结合，探索植物的分布规律。利用形态学、细胞学、特别是分子生物学的证据探索类群的系统演化，并与植物的地史分布与现代分布相结合最终解释植物的分布式样。

　　B.高山植物区系的起源与进化

　　对高山植物进行系统研究，了解高山植物区系形成的历史进程和植物区系的基本特征。从一些在高山地区形成分化中心或多样化中心的类群的起源和传播入手，以探讨高山植物的形成及演化机制；从一些特有和残遗的特征类群入手研究以了解高山植物区系性质和起源；从间断分布的类群入手以了解高山植物区系形成的历史和亲缘；从一些类群的生态适应机制来理解高山植物的进化。

　　C.分子植物地理学的研究

　　通过分子生物学的方法对间断分布（如：东亚-北美间断分布，东亚-南美间断分布和东亚-非洲间断分布等）、特有或其它分布类群进行研究，运用分支系统学和分子钟的理论和方法，结合地质学和化石资料的证据，探讨其间断、特有等分布格局形成的历史成因。

　　D.民族植物学的研究

　　研究云南少数民族对植物的利用。学习利用少数民族的传统知识，合理开发利用植物。在民族植物学的研究中包括了传统民族药及有用植物研究、民族生态学与环境资源管理、以文化为背景的生物多样性研究和保护以及农业生物多样性与传统农业生态系统研究等几个方面的研究。

　　E.高等真菌多样性、资源及生物地理学研究

　　利用真菌学原理和方法开展高等真菌重要类群的分类学、资源、菌根及真菌保护利用的研究，为真菌资源的持续利用奠定基础。利用分子生物学方法，开展高等真菌的系统发育与生物地理学的研究，探讨真菌的物种演化及地理分布规律。

　　F.横断山特殊群落生态功能的研究

　　通过对横段山地区的高山栎-松茸群落的生态功能的研究，探明这一特殊群落类型在生态系统中的作用与功能，为该地区生态系统的恢复和重建、生物资源的合理开发利用提供指导和示范。

　　G.生物信息系统的研究

　　随着中国植物志和云南植物志的完成，植物多样性编目的工作进入了一个新的阶段。Nature在2002年连续发表了4篇关于“分类学上网的文章”。将现有的生物多样性资料“数字化”是生物多样性保护的一个新动向。在这一领域开展的工作有：1.数字化标本馆的工作，即利用先进的多媒体技术和网络技术将昆明植物所标本馆的标本的资料输入数据库，将标本照片、生态照、线描图以及显微结构照片等转换成电子方式的图像文件，使我国几代植物学家积累的宝贵植物标本资源信息得以长期妥善保存，并通过计算机网络使这些人类共同拥有的宝贵财富得到充分有效的利用；2.各种资源植物及云南种子植物数据库的建设，在资源植物的合理开发利用方面满足国家的战略需求。