基础医学院是以中西医基础医学类课程的教学运行管理为主，并承担部分专业建设任务的二级学院。现有教职工68人，其中教授、副教授31人。
　　
　　基础医学院现开设的主干课和必修课计24门：中医基础理论、中医诊断学、中医学基础、金匮要略、温病学、伤寒论、中国医学史与学术流派、文献检索、医古文、内经、护理心理学、人体解剖学、组织与胚胎学、解剖生理学、病理学、生理学、方剂学、医用化学、生物化学、医学统计学、医学生物学、微生物与免疫学、人体寄生虫学、分子生物学。另外还开设选修课10余门。新开办的高职教中医美容专业已于2003年开始招生。现有在校本科生1500人。
　　
　　基础医学院有中医基础理论、中西医结合基础、中医临床基础3个硕士学位点。有医学微生物研究所、民族医药研究所、艾滋病防治研究所、中医美容研究所与云南天然美容护肤品研究开发中心等5个研究与开发机构。有1个省级重点学科——中医基础理论。目前承担有国家级、省厅级各级各类科研项目26项。由基础医学院承建的分子生物学重点实验室，已完成第一期建设任务投入使用，现实验室具有分子生物学技术常用仪器设备，可开展核酸提取、电泳分离、聚合酶链式反应（PCR）、杂交、细胞培养等分子生物学技术。