重庆医科大学生物医学工程系成立于2002年12月，是在重庆医科大学医学超声工程研究所的基础上发展起来的，其本科专业面向国内多个省市招生，招生规模为30-40人/年，并以培养医学物理师为专业特色。目前，该系是生物医学工程博士学位授权点（一级学科）和生物医学工程博士后流动站。

　　该系对学生的培养坚持走与市场经济和知识经济相适应的道路，实施基础扎实、知识面宽、实践能力强，具有创新思维的人才培养模式。在培养过程中，重视学生综合素质和创新能力的提高，努力适应国民经济建设和高素质复合型人才培养的需求，要求学生具备扎实的现代医学和理学、工程学基础知识，掌握先进的生物医学工程技术和相关技能，培养适应我国社会主义现代化建设和生物医学工程事业发展需要的，德、智、体全面发展的以医疗器械为主的工程技术人才和科研人才。学生毕业后可分配到医院、研究机构或高校从事与医学物理相关的研究、开发、教学等工作，也可继续在高校或研究机构接受进一步深造，或在医疗器械企业从事市场销售工作。

　　重庆医科大学医学超声工程研究所是生物医学工程系的科研及教学承担单位，该所2002年12月被国家科技部评为省部共建国家重点实验室、2000年被重庆市教委、重庆市卫生局评为生物医学工程重点实验室、重庆市教委评为超声医学工程重点学科。同时国际超声治疗学会秘书处及中国超声医学工程学会治疗委员会秘书处设置在该所。该系（所）以超声治疗学及相关的医学、工程等交叉学科为研究领域，已初步建成了国际超声治疗领域学术交流的平台，可为研制具有我国自主知识产权的超声治疗医疗器械提供技术支撑，培养相关领域的复合人才。

　　该系（所）以超声治疗学为研究核心，已建立起一支多学科交叉、医工结合的稳定的科研队伍，经过多年的发展，已形成稳定的科研方向，包括超声治疗的应用基础研究、超声治疗的临床研究、医学信号和图像处理、胚胎与肿瘤的同源性研究等。其主研方向已达国际领先水平。

　　近年来，该系（所）先后承担了40余项国家和地方科研任务，包括国家自然科学基金委重点项目及多个面上项目，国家九五重点科技攻关项目、教育部跨世纪优秀人才培养基金项目、教育部骨干教师资助计划以及多项省部级攻关项目等，近三年在国内外刊物上公开发表学术论文100余篇，主编了《实用超声治疗学》，参编第四版《超声医学》HIFU篇章。发明了世界首台用于临床的高强度聚焦超声肿瘤治疗系统（海扶刀），已获2000年国家技术发明二等奖、九五国家重点科技攻关计划重大科技成果、2000年重庆市科技进步一等奖等。并获国际专利4件（美国、加拿大、新加坡、俄罗斯专利已获准），国内专利9项。2001年5月，首届HIFU在医学中的应用国际研讨会在中国重庆召开，并由重庆医科大学主办。

　　该系（所）已与美国、德国、英国、日本、法国等国的多个大学和科研单位，以及清华大学、协和医科大学、南京大学、重庆大学、上海交通大学等十多所大学建立了长期的科研合作、学术交往关系，其知名度和学术地位不断提高。迄今为止，海扶刀已在全国20余家大型医院投入使用，并远渡重洋落户英国牛津大学及日本。

　　到目前为止，该系共有博士生导师4名，硕士生导师10名，本科生专业教师19名，专业涉及生物医学工程、肿瘤学、超声治疗学、电子学、计算机学、材料学、机械学等。

　　此外，该系已聘请英国考文垂大学环境及自然学院著名教授，欧洲声化学学会主席T.J Mason教授、美国华盛顿大学应用物理实验室主任，世界知名的声学物理学家Crum教授、英国Surrey，Sutton癌症研究学会研究小组主任和非临床高级科学家，Ter Haar博士、空军四所俞梦孙院士等13人为客座教授。他们每年将不定期前来生物医学工程系，为老师及学生作关于超声治疗、医疗器械等国际发展前沿及现状等的讲座，并与学生进行面对面交流，开拓教师及学生视野。