研究生部是学校专门负责研究生招生、培养、管理和就业的部门，现有工作人员9人。学校于1985年开始招收硕士研究生，是国家第三批硕士学位授予单位，目前拥有桥梁与隧道工程、道路与铁道工程、港口、海岸及近海工程、防灾减灾工程及防护工程、结构工程、载运工具运用工程、材料学、管理科学与工程、水利学及河流动力学、水工结构工程、工程力学、车辆工程等12个硕士学位授权点；2000年获得开展“在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位”资格；2001年获得工程硕士专业学位培养资格，现有建筑与土木工程、交通运输工程、水利工程等3个工程硕士专业学位培养领域；2003年11月教育部批准我校与西南交通大学开展联合培养博士研究生工作。

　　学校研究生教育于1998年通过了交通部质量评估检查；1999年在重庆市学位办组织的全市研究生学位论文随机抽查评比中，我校得分名列全市第一名；2004年重庆市学位办组织的全市优秀硕士、博士学位论文评比中，我校1篇论文获得市优秀学位论文奖。随着国家西部大开发、交通大发展战略的实施，我校研究生教育将会有更快、更好的发展。