物流工程学院是原港口机械工程系、机电工程系、工程计算机与图学部、机械设计部合并调整而成的。设有港口机械工程研究所、物流自动化研究所、工业工程研究所和机械设计研究所。专任教师中有教授15人，副教授41人，博士生导师5人，高级工程技术人员6人，国家级专家2人，省级专家1人。围绕物流工程的发展，系里还设有港口装卸技术实验室（交通部重点实验室）、机械与流体控制工程实验室、工程图学与公差实验室、机械设计实验室。设有“机械设计制造及其自动化”和“工业工程”两个本科专业，“机械设计及理论”、“机械制造及其自动化”和“机械电子工程”3个硕士学位专业和“机械设计及理论”、“机械制造及其自动化”2个博士学位专业。该系面向全国物流产业，在教学和科研上以机械、自动化、控制及工业工程管理为主，全面服务于港口、工厂和分布网点的物流工程。系里设备总值约1000万元，其中10万元以上的设备有400KN结构疲劳试验机、链斗卸船机试验台、动态信号仪、静动态数据采集仪、ANSYS分析软件（含ANSYS技术支持中心）及多台套计算机设备等。“教育部港口物流技术与装备工程研究中心”和“武汉港口机械质量监督检验测试中心”的研究基地设在该系。