本专业形成了以分子病毒学研究为核心，以高新技术平台的建设为基础，创造性地研究重要病毒的特性和生命现象，主要开展重要病毒的遗传调控、病毒和宿主的相互作用、病毒致病的分子机理和防治技术，不断发展和深化本领域的基础理论和方法，解决人口健康和我国农业可持续发展的关键性理论与实际问题。主要研究成果多次获得国家、省部级奖励。在病毒的分子病毒学等方面达到国际先进水平；在病毒与微生物基因芯片、生物传感器、分析用酶的分子操纵三个方面形成了明显特色，通过引进人才，医学分子病毒学的研究高起点，正逐步成为我所重要的研究方向。各研究组均与国际上相关的研究单位建立了长期稳定的合作与交流。目前承担有国家973、杰出青年基金、国家自然科学基金、863和国际合作等项目。最近，开展了新生传染性病毒性疾病的研究，如：SARS病毒和禽流感病毒的研究。

　　研究方向：

　　1、医学分子病毒学

　　针对危害我国人民健康的重要病毒病开展有关病毒的分子生物学、致病的分子机理及预防与治疗等方面的基础和应用基础研究。近期开展的主要研究方向包括艾滋病的流行病学、致病机理和疫苗的研制；严重急性呼吸道综合症病毒SARS-CoV的起源、分子致病机理和疫苗研制；流感病毒疫苗研究及解析流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因在抗流感中的作用，寻找抗流感的关键序列；人类巨细胞病毒复制机理解析；丙型肝炎病毒的分子生物学、致病和抗药性机理；新型基因治疗载体构建及应用的相关分子生物学；肿瘤病毒流行病学和分子病理学研究，KSHV在中国的区域性感染率、感染危险性因子以及分析KSHV引起细胞恶性转化的分子机理等。

　　2、病毒功能基因组学及病毒基因工程

　　主要研究病毒的基因及基因组的结构与功能；病毒感染及病毒与宿主相互作用的分子机理；利用基因工程平台技术研制抗病毒药物等。近年研究的主要内容为病毒的功能基因组学；病毒膜融合蛋白与受体相互作用的分子机理；SARS病毒跨种传播的分子机理；病毒基因工程技术等。

　　3、水生生物病毒学

　　从事经济水产动物和藻类病毒病原的分离与鉴定，建立病毒早期检测与预防技术；对重要水生生物病毒的生态分布、基因组结构与功能、蛋白质组学以及病毒与宿主相互作用的分子机理进行深入研究。

　　4、动物保护医学

　　从事野生动物病毒及其保护学研究，着重研究野生动物携带的、与人畜健康密切相关的新生疾病病毒，包括病毒的分类与鉴定、病毒的生态分布、基因组结构、病毒跨物种感染的分子机理与预防。

　　5、轮状病毒分子流行病学

　　轮状病毒是婴幼儿腹泻重要病原，是分节段dsRNA病毒。本专业旨在通过对流行的轮状病毒的组别、基因亚组、P血清型、G血清型以及其基因进化的研究，探讨轮状病毒的流行及进化规律，为轮状病毒的预防控制提供科学依据。

　　6、分子酶学与分析生物技术

　　主要以微生物（包括病毒）分子元件为材料，开展生物传感器、生物芯片、基因分析方法、蛋白质理性设计和体外分子进化等分析生物化学与分析生物技术研究，为生命科学研究中对生命信息的纵深提取，生物学反应过程动态和适时监测，重要生命物质的在体或精确检测，临床重大疾病的早期诊断以及环境监测等发展新的原理与方法。

　　7、植物基因工程

　　结合本研究所在微生物（包括病毒）基因资源方面的特色领域，与其它学科组合作，克隆抗病毒，抗虫，抗逆境和环境污染物降解的相关基因，以转基因植物为技术平台，在建立新的安全转化系统的基础上，研究功能基因表达效果，获得具有应用前景的转基因植物，重点开展抗病毒转基因植物口服疫苗的研究。