中国科学院亚热带农业生态研究所的前身为中国科学院长沙农业现代化研究所，作为中国科学院在南方区域农业研究平台和国家农业科技创新体系的重要组成部分，已整体进入中国科学院知识创新工程行列。

　　研究所主要研究方向为区域农业格局与系统过程研究、农区畜牧健康养殖机理与调控技术研究，包括亚热带区域农业格局与农业发展战略、三大类型区农业发展模式、亚热带土壤-作物-家畜系统物质循环过程与调控、逆境胁迫下（涝渍、季节性干旱等）作物适应性机理与品种选育、集约型养猪业产品健康与环境安全研究、农牧复合型草食畜牧业关键养殖技术等创新研究内容。设置区域农业生态（区域农业格局与系统过程研究）、畜牧健康养殖（农区畜牧健康养殖机理与调控技术研究）两个研究中心。

　　本所拥有30多台大型精密仪器和现代化的野外观测设备及从事GIS研究的计算机工作站，260多个信息点的所计算机局域网已与世界各地联网。编辑出版的《农业现代化研究》（双月刊）已成为国内农业现代化研究领域最具影响力的学术刊物。建所25年来，已有70余项成果分别获得国家、院、省、部委奖励，国际学术交流频繁，成效显著。拥有生态学博士学位授予点和生态学硕士学位授予权，已培养硕士、博士研究生50余名。研究所为在读硕士研究生提供600-800元/月的助学金，为在读博士研究生提供1200元/月的助学金，并为优秀研究生提供奖学金；研究生可享受本所科研绩效奖，优秀硕士研究生可实行硕博连读；导师为研究生提供较充足的科研经费；研究生宿舍硕士生2人1间，博士生1人1间，并配有电视机、电话、热水器等生活设施，具有培养研究生的良好生活环境条件。