1999年，教育部和国务院学位委员会授予我院全国学位与研究生教育管理先进集体称号；在全国百篇优秀博士论文评选中，我院连续三年榜上有名；在广东省管理科学院《2002中国研究生院评价》中，我院以农学第一名跻身12所中国一流研究生院。

　　我院研究生教育有鲜明特色，依托于39个研究所（中心），22个国家和部门重点实验室；6个国家农作物改良中心；3个国家级、24个部级质量监督检验检测中心；1个国家农作物种质资源库；1个国家农业图书馆（藏书世界排名第三），拥有全国最多的农业科技文献信息资源和先进的信息处理设备及网络系统。十五期间，我院承担国家及部委重点等各类总经费是九五的5倍以上，仅头三年，研究经费已超过12亿元。

　　目前我院在校研究生1000多人。有两院院士11人，研究员344人，副研究员1181人，其中博士生导师248人，硕士生导师1000余人。现有硕士学位授权专业37个，博士学位授权专业26个，涉及农学、工学、理学和管理学4个门类，16个一级学科。

　　我院已与世界上60多个国家的农业科研机构、大专院校等地区（组织）建立了良好的合作关系，包括共同培养博士研究生。

　　围绕院党组提出的三个中心、一个基地的战略部署要求，要对全院的教学资源、科技资源和智力智源重新进行整合，优化配置，将所有的教育资源统一起来，建立研究生教学和科研平台，实现我院研究生教育的跨越式发展：2005年，博士授权专业要达到30个，研究生培养规模要实现在校生1500－2000人，到2010年在校研究生总数达到3000－4000人，努力把我院建设成为国际知名、国内一流的培养和造就高层次农业科技人才的基地。