学院设有生物医学工程一级学科博士学位授权点，生物医学工程、生物物理两个学科的硕士学位授权点和生物医学工程本科专业。生物医学工程学科是北京市重点建设学科。

　　学院下设药物研究所（包括：病毒与药理研究室、药物合成及天然产物研究室、分子设计与生物信息研究室、分析测试中心）、生物医学工程中心（包括：生物力学与仿真工程研究室、生物电子与医疗仪器研究室）和生物医学工程教学实验室。

　　药物研究所主要研究方向：

　　●抗艾滋病与抗癌药物的筛选与分子设计

　　●天然产物的提取和药物合成研究

　　●对艾滋病、SARS、肝炎等病毒分子药理学研究

　　●药物作用机理和分子毒理学、环境毒理学的研究

　　●抗病毒疫苗学研究及免疫制品开发

　　●保健品及抗癌类药物的研究开发

　　生物医学工程中心主要研究方向：

　　●生物医学信号检测与处理

　　●生物医学图象处理

　　●生物芯片与HIV、SARS的早期诊断

　　●生物热物理及其医学应用

　　●生物流体力学

　　●生物组织力学子