数学系主要包括一级学科数学（二级学科：基础数学、计算数学、概率论与数理统计、应用数学、运筹学与控制论、保险与精算）和系统科学（二级学科：系统理论、系统分析与集成）及部分计算科学与技术、管理科学与工程、控制科学与工程等学科。数学学科的硕士基础课现在设有一级学科课程11门；二级学科专业基础课45门；专业课33门；全院的数学公共选修课程24门；共累计110余门课程。每年开设课程40余门。

　　数学系专职教师24名，有中科院院士1人，教授13人，副教授6人，讲师2人，博士生导师9人。中国科学院百人计划入选者2名。

　　目前数学系专职教师的研究生培养方向有分析、代数、几何、概率论、数理统计、离散数学、应用数学、运筹学与控制论等以及若干交叉学科的若干个研究方向，详见每年的中国科学院硕士生、博士生招生专业目录（科学出版社出版）。

　　目前数学系专职教师承担各类科研课题三十余项，其中国家自然科学基金数学重点项目3项，普通项目3项，，973项目2项，863项目1项。建院以来，数学系共获国家级和省部级以上科研、教学奖三十余项。其中，中科院一等奖6项，二等奖4项，国家自然科学级国家科技进步一至三等奖6项。

　　数学系将全面贯彻中国科学院新时期办院方针和中国科学院研究生院的三统一、四结合的办学方针，稳定教师队伍，引进优秀人才，加强教学管理及学生管理。院所紧密结合，共同努力，为国家培养出更多的高层次人才而做出更大的贡献。