航空航天医学系始建于1960年（原名为空军医学系，1999年更为现名）， 是我国唯一的航空航天医学专业高层次人才培养基地，是国家民航系统唯一指定航空医学高级专业技术职务评审单位和航空卫生人员上岗前培训机构。已为国家和军队培养航空航天医学人才3500余人，被誉为“航空医师的摇篮”。近几年来，获得多项国家、军队成果奖励和科研项目资助，成绩斐然。