基础医学系的前身是苏州医学院基础医学部，是进行基础医学教学的重要基地，承担临床医学（含儿科医学方向）、放射医学、预防医学、核医学、医学影像学、药学、生物技术、护理学、口腔医学、医学检验等专业本科生（3000多名）、研究生（400多名）的基础医学课程教学任务以及医学、生物学、和药学三大学科博、硕士生（计140余名）的培养，并指导博士后研究工作。基础医学系拥有一支高素质的师资队伍，现有专任教师90人（其中教授18人、副教授21人，博导10人、硕导17人）。我系早在70年代就开始培养研究生，是1981年首批获得有硕士学位学科授予权的单位，多年来为国家和地方培养了数百名博、硕士和中青年专家。2000年和2001年，经省教育厅及教育部批准设立“法医学”和“医学检验”本科专业，并分别于2001年和2002年开始招生。

　　基础医学系经调整组建以来，基础医学系现有教研室12个，基础医学实验教学中心3个（形态学、机能学、法医学）、校级研究所3个（内设20个研究室）、独立研究室3个、与教研室和署的研究室5个。2003年申报成功基础医学一级学科博士点（涵盖7个二级学科，其中我系有5个）和药理学博士点，全系现拥有1个基础医学博士后流动站、6个博士点（病原生物学、免疫学、人体解剖与组织胚胎学、病理和病理生理学、法医学、药理学）、8个硕士点；另有部级核医学与生物技术重点实验室，省部级重点专业1个（免疫学），校级重点学科2个（药理学、免疫学）。设有法医学1个本科专业。10个学科方向为：病原生物学、人体解剖学与组织胚胎学、病理与病理生理学、生理学、神经生物学、法医学、药理学、免疫学、生物化学与分子生物学、细胞与分子生物学。

　　近年来，我系在注重基础理论研究同时也加强了应用性、开发性研究，科研工作硕果累累，承担国家级科研课题11项，省部级课题36项，校级科研课题28项，国际合作项目6项；获教育部、国防科工委、江苏省政府、省科学技术进步奖22项；共发表科研论文326篇，教学论文43篇。

　　我系重视与国内、国际的学术交流和技术合作。99年以来聘请国外和港澳台专家14人为客座教授和兼职教授，聘请各类国内外专家学者作学术报告达30余场次。已与美、日、英、香港等国家和地区建立了合作关系。