1999年3月5日，学校下达文件[师委字（1999）第12号]《关于成立南京师范大学生命科学学院的决定》，确定了学院管理体制和机构设置框架及学院的工作职责，并任命了学院党政领导班子。1999年5月18日，在随园校区贻芳报告厅隆重召开大会，南京师范大学生命科学学院正式成立！

　　生命科学学院下设六所三室二馆，即：植物资源研究所、动物遗传资源研究所（水产科学研究所挂靠该所）、微生物与生物技术研究所（校生物菌肥重点实验室挂靠该所）、生化与生物制品研究所、（新药中心挂靠该所）、分子细胞生物学研究所、生物教学研究所、江苏省资源生物技术重点实验室、江苏省分子医学生物技术重点实验室、院专业基础教学管理实验室，院生物科学专业图书馆、院珍稀动物博物馆。

　　学院对六所三室二馆实施全面领导，并负责全院的行政、人事、财务管理、教学计划和科研战略规划的制定、检查、验收等工作。根据《中国共产党普通高等学院基层组织工作条例》的有关规定，学院实行集体领导和个人分工负责相结合的领导制度，学院党总支和行政依据划分职责范围、分工协作、各司其职的原则，互相支持，互相配合，共同完成学院的各项工作。学校根据组织程序聘任（任命）生科院院长1人、副院长3人。院党总支设书记1人、副书记1人。学院的最高决策机构为院党政联席会议，会议成员由院长、副院长、党总支正副书记组成，讨论并决定学院改革发展与人才培养等重大事项。学院设有学术委员会、学位委员会、教学委员会、院务委员会、职称评审委员会、岗位职务聘任委员会、财务与资产管理委员会、学生工作指导委员会、治安保卫委员会等常设专门委员会，以及工会、分团委、学生会、研究生会等群众团体。学院行政设有院务办公室、教务办公室、科研办公室、研究生管理办公室等办事机构，由院办公室主任、人事秘书、科研秘书、教学秘书、行政秘书、研究生工作秘书等行政人员处理日常事务。

　　生命科学学院现有教职工96人，其中专任教师59人，专任教师中正高级职称29人，副高级职称23人，中级职称7人，其他人员37人（包括教辅、党政管理人员）。教师中博导12人，有博士学位32人（另有9人在读），硕士学位7人，1人担任国际豚类亚洲主席，3人担任国际学术组织委员，7人担任国家及省级学会理事长、秘书长和理事。教师中既有获得对国家有突出贡献的中青年专家称号的著名学者，又有获省青蓝工程、333工程和江苏省青年科技标兵称号的青年骨干教师，同时还有国家、省级奖获得者以及校十佳青年教师和教书育人奖称号获得者。

　　生科院现有生物科学和生物技术两个专业，共四个方向，分别是生物教育（师范类）方向、生物科学（国家理科基地）方向、生物技术方向、生物制药方向，招收全日制本科生。所有本科专业均具有学士学位授予权。现有在校全日制本科生800余名。学院拥有动物学、植物学、微生物学、分子与生物化学、细胞生物学、发育生物学、水产养殖学、遗传学、生物制药学、课程与教学论（生物）10个硕士点，学院还拥有3个博士点，在动物学、细胞生物学、微生物学多个方向招收博士生，现在校研究生为350名。学院还拥有生物学博士后流动站。此外，学院还招收教育硕士生和生物课程论硕士。在成人教育方面，设本科函授，常年招生；举办中学中师骨干教师硕士研究生课程班（学位班）及非学位班、高师在职教师研究生课程进修班（学位班）、省生物骨干教师培训班，以及与生命科学相关的专业研究生课程班等。

　　生科院具有正高级职称评审权。资源生物技术实验室和分子医学生物技术实验室均为省级重点实验室，菌肥实验室为校级重点实验室。动物学为省级重点学科，生物资源学是国家211工程一期重点建设的项目。长江三角洲生物资源的分子生物的研究与利用是国家211工程二期重点建设项目。生科院还是省动物学会挂靠单位。

　　生命科学学院图书资料极具特色，仅生物专业藏书量就达7万册以上，在全国图书馆生物学藏书量统计中排列第二。学院拥有先进的教学与科研仪器、设备，相关实验室配置了多种常规显微镜、解剖镜、电脑，以及高效液相色谱仪、氨基酸分析仪、扫描电镜和透射电镜等大中型设备。近几年来，由于学校211工程及省级重点学科、重点实验室和国家理科基地的投资，添置了许多精密的现代化仪器，如价值70万元以上的DNA自动测序仪，价值200万元以上的激光共聚焦细胞仪等，在国际上都属一流仪器设备。

　　生科院目前行政区域主体位于随园校区新大楼的三、四、五楼的全部和一楼西侧部分以及校体育馆楼的一、二楼全部。在仙林校区则位于J3楼的三楼西侧面。教学实验用房主要在仙林校区生化楼S4东部的四层。学校在功能定位上，决定生命科学学院整体东移。2006年以后，生命科学学院将位于仙林校区北区，一幢一万六千平米崭新的生命科学大楼将屹立在仙林校园北区。