新疆医科大学中医学院是我校唯一的一所副厅级教学分院。其前身是20世纪40年代“三区”革命时期由前苏联援办的伊犁卫生学校。1950年迁至乌市，原新疆省二医院（现自治区人民医院内），更名为乌鲁木齐卫生学校，1956中年迁于现址。1961年改制为新疆中医学校。1978年始招检收本科生。1986年11月成立新疆中医学院。1988年始开办成人本专科教育。1994年始与上海中医药大学联合招收研究生。1998年与原新疆医学院合并后成为新疆医科大学中医学院。内设学院办公室、教学科研办公室、中医系和针推骨伤系4个正处级机构，4个硕士学位授予点。15个教研室，4个实验室，1个建筑面积约200平方米近960种药物。在迈向新世纪的征途上，中医学院人决心以“三个代表”思想为指导，以丝路文化特有的恢宏的接纳功能、旺盛的创造精神和巨大的辐射能力为主旨，坚持风迎八方，开放搞活的时代精神，造新的辉煌。