生物工程系在建设和发展过程中，不断改革、不断总结，形成了以邓小平理论和‘三个代表’重要思想为指导，坚持‘三个面向’，全面贯彻党在新时期的教育方针；坚持以发酵工程为优势，以生物技术为特色；以本科教育为主，积极发展研究生教育；立足江西地方经济建设，面向全国，培养生物技术应用型、创业型人才，把生物工程系建成在江西领先，位居国内省属同类院系的先进行列的教育研究型院系的办学指导思想。初步形成了重视生物科学的理科基础，强化下游技术的工科专业建设，注重现代生物技术的融合渗透，实现传统发酵工程改造提升的优势与特色。

　　生物工程系目前在职在岗教职工人数43人。其中专职行政干部6人，专兼职教师29人，教辅人员8人。

　　在专兼职教师中教授5人，副高职称8人，中级职称6人，初级职称10人。在教师队伍中具有博士学位7人，在读博士3人，具有硕士学位8人，具有高学历人数占本系教师人数的51.73%.具有学士学位14人，占本系教师人数的48.27%.由学校聘请名牌大学6名博士生导师、教授为我系的兼职教授。

　　生物工程系拥有一栋五层建筑面积达4000m2的教学大楼—生物工程楼，和一个占地20000 m2的教学实训基地。

　　在生物工程楼内建有高标准的教学实验室4个：分子生物学实验室、发酵分析实验室、微生物学实验室和工业微生物生理与遗传育种实验室。在教学实训基地建有一个中试车间，配有8套全自动不锈钢发酵罐及其配套设备。

　　生物工程系仪器设备资产总值达800余万元。

　　生物工程系目前设有生物工程和生物技术两个本科专业及一个微生物学硕士点。其中生物工程专业为全省100个本科品牌专业之一。

　　目前生物工程系在校本科生723人，硕士研究生13人。

　　十五以来，由生物工程系科技人员承担的科研项目26项，其中国家级项目3项，省厅级项目9项，横向项目4项，校基金项目4项，获得科研经费200余万元。科研项目获国家科技进步二等奖一项，申报国家发明专利一项，重大科研成果转让2项，在国内外刊物发表科研论文40余篇。

　　生物工程专业已有98级和99级两届毕业生，其毕业率为100%，考研录取率分别为17%和13%.一次就业率两届学生均在90%以上。