南京林业大学土木工程学院建于1997年。学院的前身是1986年成立的森林工程系，最早可追溯到1952年建校初期设立的森林工程学科和1956年增设的土木工程学科（土木工程教研组）。经过50多年来的历史发展，学院已从早期的森林工程和土木工程学科发展成集森林工程、土木工程、工程管理、交通工程和测绘工程等为一体的多科性工程教育和科研基地。从1952年建校以来，学院已为国家培养和输送了数千名各类毕业生。
　　
　　学院先后承担了二滩水电站木材过坝试验研究等重大科研项目的研究任务，取得了一批重要科技成果。学院与美国、俄罗斯、加拿大和芬兰等国的高校和学术机构保持着学术联系和科技合作。学院还先后参与了沪宁高速公路、南京长江二桥和长江三桥等现代化大工程的建设和服务，创造了良好的社会效益和经济效益。
　　
　　学院下设森林工程、交通土建工程、建筑工程、工程管理、交通工程和测绘工程六个系。设有森林工程、土木工程（交通土建工程方向、建筑工程方向、给水排水工程方向）、工程管理、交通工程和测绘工程等5个本科专业，以及工业与民用建筑工程、道路与桥梁工程、工程管理、物流工程等专科专业。学院现有道路与铁道工程、森林工程两个硕士点和林业工程专业学位硕士点。森林工程学科具有博士学位授予权，同时还设有林业工程博士后流动站。学院拥有良好的教学和科研条件，在校外还建立20多个实践教育实习基地。在校学生近1300人。