中国药科大学隶属教育部，是面向二十一世纪国家重点建设的一百所大学之一，中药学院是学校的一个分院。学院位于南京名胜燕子矶畔，座落在占地500多亩的中国药科大学分部，校园内建筑依山就势，风格独特，环境优美，具有浓郁的文化内涵。中药学院前身为南京药学院生药系，80年代初改名为中药系，1985年经国家教委批准，筹建南京中药学院，1986年根据国家教委决定，与南京药学院合并，成立中国药科大学，改称中国药科大学中药学院。1998年12月，中药研究所并入中药学院。

　　中药学院现设天然药物化学、生药药用植物学、中药制剂学、中药药理学、中药分析学和中医药学等6个教研室，另设生药学、中药复方、中药开发、遗传育种、中药生物技术和中药资源等6个研究室；并附设有中药标本馆与药用植物园。其中天然药物化学教研室是我校国家级重点学科药物化学学科的重要组成部分，生药学科是江苏省重点学科，学院还设有原国家医药管理局新药研究管理中心南京中药复方和质量标准研究重点实验室。

　　中药学院现有学生近1000名，其中本科生800余名，硕士生、博士生和博士后150余名。根据教育部专业设置的要求，并考虑到学生毕业后的工作需要，本科生的培养在中药学专业内分设中药学、中药分析、中药制药、中药生物技术等四个专业方向。中药学院设有国务院学位委员会批准的中药学一级学科博士点，生药学二级学科博士点，天然药物化学是我校药物化学博士点的重要组成部分，中药药理学是我校药理学博士点的重要组成部分，另外还设有中西医结合基础的硕士点。天然药物化学、生药学、中药药理学等学科作为我校药学博士后流动站的重要组成部分，均可招收博士后研究人员。中国药科大学是教育部指定的唯一能接收药学类外国留学生的学校，作为我校培养留学生的重要基地，中药学院每年招收较多来自世界各地的外国本科生、硕士生和博士生。

　　学院现有在编教职工90余名，其中中科院院士1名，教授和研究员30名，副教授、副研究员30余名。45岁以下的教授、副教授及年轻的学科带头人和骨干教师不断涌现，全院现有博士生导师14名，其中45岁以下的有5名。已故著名中医药学家、中科院学部委员叶桔泉教授在学院执教终身。

　　近年来，学院承担了多项国家攻关项目和国家自然科学基金项目及大量省部级重点科研项目。年均科研经费超过500万元。获奖科研项目主要有：

　　1.“长沙马王堆一号汉墓古尸研究”获全国科学大会奖；

　　2.“常用中药材品种整理和质量研究”获国家科学技术进步一等奖；

　　3.“番红花球茎复壮、增产技术及推广研究”获国家科学技术进步二等奖；

　　4.“中药材同名异物品种的系统研究、贝母类、金银花类、大黄类、石斛类品种研究”获国家科学技术进步三等奖；

　　5.“常用中成药质量检测技术”获国家医药管理局科学技术进步一等奖6.《中药材粉末显微鉴定》获中华人民共和国新闻出版署颁发的全国优秀图书科学技术进步一等奖；

　　7.“银杏叶提取物——总黄酮和总内酯”获国家中医药管理局中医药科学技术进步一等奖；

　　8.“生脉散复方化学成分的动态变化与药效关系的研究”获国家中医药管理局中医药基础研究一等奖；

　　9.“校内药用植物实习基地建设与教学实践”获国家教育委员会国家级教学成果二等奖。编著出版了《生药学》、《方剂学》、《中药制药工程原理与设备》、《常用中药材品种整理和研究》、《中药显微鉴定学》、《中国药材学》、《中药辞海》、《香港常用有毒中药图鉴》和中药实验课系列教材等数十部著作，每年在国内外刊物上发表论文数十篇。学院十分重视产学研结合，先后与天津中药集团、恒瑞医药股份公司、连云港正大天晴制药集团、康缘制药等数家大中型企业建立了良好的合作关系。研制的国家一类新药—关附甲素已获批准进入三期临床，原料药西红花甙类、西红花多甙片获国家二类新药证书，另外，尚有一批一、二、三类新药正在研制中。每年以中药新药开发为主的应用研究项目经费500万元左右。在新药开发研究中，学院各学科齐全配套，临床前所有工作均可在院内完成。学院现有国家新药评审委员10名，涵盖中药新药审评的所有学科。

　　随着改革开放的不断深入，中药学院的对外交流日趋活跃。先后与美国、日本、英国、越南等国家及香港、台湾等地区有关中医药院系建立了良好的交流和合作关系，互派留学生、进修生和访问学者，经常举办专题报告、学术讲座等学术交流活动。

　　20世纪已经过去，新的纪元任重道远。中药学院广大教职员工将在现有的基础上，前赴后继，百折不挠，在学校的正确领导下，决心进一步加强内涵建设，加强与国内外药学院系和制药企业的广泛联系，努力把学院建成国内一流、国际上具有一定知名度的中药学院。

　　现任中药学院院长为中药学一级学科博士点学科带头人、博士生导师孔令义教授。