南京中医药大学药学院是国家最早建立的高等中药教育院（系）之一，在国内享有较高的知名度，在国外亦具有一定影响。

　　南京中医药大学药学院的前身为始建于1960年的南京中医学院中药系，1970年更名为江苏新医学院中药系，1978年恢复原名，1995年更名为南京中医药大学中药学院。2000年更名为药学院。

　　药学院经过44年的建设和发展，药学教育取得了较大的发展。现设有中药学、药学、药理学和药物化学四个系，内含基础化学、药物分析、药物化学、药理学、药用植物学、中药鉴定学、中药炮制学、药剂学、制药工程学、生物制药学、临床药学、药事管理学等十二个教研室和一个省级教学实验中心，同时还设有药物研究所、药用菌与中药生物技术研究中心、新药研究开发中心、仪器测试中心及中药标本室。药学院现设有五个本科专业（中药学、药学、制药工程、药物制剂、中药资源与开发）和七个本科专业方向（中药药理学、海洋药学、中药资源与栽培、中药资源与鉴定、临床药学、生物制药、中药制药），2001年中药学学科被列为国家重点学科，中药制药学被列为国家中医药管理局重点学科建设单位。

　　药学院现有在职教职工78名，其中具有高级职称的人员26名；中级职称的34名；初级职称人员18名。

　　药学院现设有中药学博士后流动站，中药学博士点，中药学、生药学、药理学和药剂学四个硕士点。有博士生导师6名，硕士生导师14名。截止到2003年有6名博士后出站，并培养出博士生25名，硕士生133名和近3000名本、专科生。药学院现有在校各类学生2206名，其中博士后4名，博士生35名，硕士生111名，本科生2060名。药学院聘请外籍名誉教授2名、国内客座教授4名。多年来发表研究论文1500多篇，编写教材和专著160多部，获各种成果奖34项，其中国家级2项，部、委、省级22项。获中药一类新药证书2个，国家发明专利4项。近十年共获国家纵向各类科研及项目基金1600多万元，国内外横向合作研究资金近2000万元。

　　药学院拥有一批先进的仪器设备，如红外分光光度计、紫外分光光度计、高效液相色谱仪、气相色谱仪、薄层扫描分析仪、原子吸收光谱仪、全自动生化分析仪、多导生理记录仪、心脑血管功能测定仪、离心旋转薄层仪、荧光显微镜、差热分析仪、中压柱系统、超临界CO2萃取设备、喷雾干燥器、冷冻干燥器等。这些先进仪器为药学院的教学和科研提供了良好的基础条件和先进的研究手段，为把药学院各学科的研究推向国际药学研究的前沿奠定了良好基础。

　　药学院与国内外有关高等院校、科研机构及大中型制药企业有着广泛而密切的联系，始终掌握着国内外药学发展的最新信息，立于学科发展的前沿。

　　随着南京中医药大学的快速进步和发展，药学院亦步入了一个崭新的蓬勃发展时期，全院干部师生正以勤奋的工作和集体的智慧在创造更加辉煌的业绩。