中国科学院数学与系统科学研究院成立于1998年12月，是由中科院数学研究所（建于1952年）、应用数学研究所（建于1979年）、系统科学研究所（建于1979年）及计算数学与科学工程计算研究所（建于1995年）等四个研究所整合而成。首任院长是我国著名数学家杨乐院士，现任院长是郭雷院士。

　　研究院是一个综合性的国立学术研究机构，覆盖了数学与系统科学的主要研究方向。研究院的战略定位是建成具有强大持续创新能力的科研基地和高质量的博士生教育基地，成为国际上有影响的研究中心、高层次的学术交流中心、培养高级研究人才的中心以及国民经济有关问题的咨询中心。

　　研究院除了下属的四个研究所以外，还有科学与工程计算国家重点实验室、中科院管理决策与信息系统重点实验室、中科院系统控制重点实验室、中科院数学机械化重点实验室， 以及中科院晨兴数学中心等。2000年以来根据学科发展和实际需求， 又新成立了若干建立在交叉学科基础上的研究中心。

　　五十年来，研究院荟萃了我国一大批著名数学家和系统科学家。四个研究所的科研人员在理论研究和实际应用方面，为我国数学和系统科学的发展以及国民经济和国防建设做出了重要的贡献，获得各种科技奖励400余项，其中包括首届国家最高科学技术奖（ 吴文俊），  4项国家自然科学奖一等奖（华罗庚 “典型域上的多元复变数函数论” ， 吴文俊 “示性类与示嵌类的研究” ，陈景润和王元等 “哥德巴赫猜想研究” ，冯康等 “哈密尔顿系统的辛几何算法”），以及一些重要的国际学术奖励。 不少重要的应用成果受到中央领导和实际部门的充分肯定，显示了数学和系统科学理论在国民经济主战场的作用。

　　研究院现有职工329人，其中科技人员219人， 包括中国科学院院士15人，中国工程院院士2人，第三世界科学院院士4人， 中科院“百人计划”入选者和国家杰出青年基金获得者30余人。 现有在学研究生349人（硕士研究生137人，博士研究生212人）。博士后66人。 研究院下属的四个研究所是我国最早被批准具有硕士、博士学位授予权的单位之一，是首批国家批准的博士后流动站之一。 全院8个博士点分布在数学、系统科学、管理科学与工程、计算机科学与技术四个一级学科中。

　　研究院贯彻“开放、流动、联合，面向全国、面向世界”的方针，每年接待300余位国内外访问学者，与国内外学术机构有广泛的交流合作关系。研究院拥有全国馆藏最为丰富的数学专业图书馆，订有大量国外期刊，藏书逾20万册。研究院有先进的计算机及网络系统，包括万亿次机群（联想深腾1800）和超级计算服务器，带有多种大型数学软件包。

　　挂靠在研究院的全国一级学会有中国数学会、中国运筹学会、中国系统工程学会。研究院主办14种学术刊物，如数学学报（中、英文版）、应用数学学报（中、英文版）、系统科学与数学（中文版）、系统科学与复杂性（英文版）、计算数学（中、英文版）等。

　　网址：http://www.amss.ac.cn/amss/chinese.html