中国科学院微生物研究所成立于 1958 年 12 月 3 日，其前身是中国科学院北京微生物研究室和中国科学院应用真菌研究所。该研究所是以微生物资源、分子微生物学和微生物生物技术为主要研究领域，根据农业发展、人口健康和环境保护等国家需求，开展基础研究、应用基础研究及实施成果转化的综合性研究机构。

　　截止到 2003 年底全所在职职工人数为 330 人，其中专业技术人员总数为 271 人，有中国科学院院士 5 人，研究员 33 人，副研究员 56 人。现有在学研究生 222 人，其中博士生 134 人，硕士生 88 人。在站博士后 4 人。

　　按照研究所的主要学科领域和发展方向，设有微生物资源，分子微生物学、微生物生物技术三个研究中心和一个为科研服务的技术与信息中心。拥有微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室和中国科学院真菌地衣系统学重点实验室；拥有亚洲最大的具有 40 万号标本的菌物标本馆和一个国内最大的具有 16600 多株菌种的微生物菌种保藏中心，该中心是世界知识产权组织批准的布达佩斯条约国际保藏单位。还有一个藏书 6 万余册的专业性图书馆。

　　2003年是微生物所进入创新工程试点的第二年，研究所的创新科研工作、人才队伍建设和创新文化建设上了一个新台阶。极端嗜热古菌遗传因子的生物学功能研究取得的重要进展，展现了我国科学家在这一研究领域的先进水平；一部总结我国生物分类研究成果的旷世巨著《中国孢子植物志》、《中国动物志》、《中国植物志》（简称“三志”）的编研工作取得阶段性成果；抑制SARS病毒感染的多肽药物研究在第一时间申请了国际专利，是研究所面向世界科学前沿、面向国家战略需求的快速反应。在应用研究方面也取得了可喜的成绩：基因工程菌生产L-色氨酸、双抗虫基因棉花纯合系的研制分别获得省部级科技进步一、二等奖，重要化工原料长链二元酸的规模化生产已成为产业化示范工程项目。2003年研究所争取科研项目51项，合同研究经费3546万元，到位科研经费5312万元，其中国际合作经费116万元，国内合作经费88万元；签订技术开发和技术转让合同15项，合同金额2818万元。2003年全所共发表论文121篇，其中SCI收录的论文82篇（国外73篇），影响因子合计131.4，出版专著2部，申请专利34项（其中国外专利2项），获授权9项。

　　先进的科研设备，良好的科研条件和求真务实的文化理念，吸引了一大批海内外有志青年，组建了一支富有朝气的分子免疫学研究团队，为研究所进一步开展这方面研究打下了基础。

　　另外，微生物研究所的挂靠单位有：中国微生物学会，中国菌物学会和中国生物工程学会（与院情报中心合作挂靠）。微生物所编辑出版的学术刊物有《微生物学报》，《生物工程学报》，《菌物系统》及《微生物学通报》。

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