福建中医学院创建于1958年，1969年与福建医学院合并为福建医科大学，迁址泉州。1978年11月福建中医学院复办。目前学校占地面积近1200亩，校本部位于福州市风景秀丽的屏山东麓，新校区位于福州上街大学城。
　　
　　在福建省委、省政府的正确领导下，福建中医学院严格执行党的教育方针，坚持社会主义办学方向，经过45年的建设与发展，现是学士学位、硕士学位、博士学位的授权单位，也是福建省培养高级中医药人才的基地和全省中医药教育、医疗和科研的中心。
　　
　　学校设有中医系、现代医学部、骨伤系、针推系、药学系、公共管理系（社科部）、护理系、体育部、研究生部等9个系（部），职业技术学院、海外教育学院、成人教育学院、五洲科技学院等4个二级学院，现有中医学（中医医疗方向）、中医学（中医骨伤方向）、临床医学、中西医临床医学、针灸推拿学、针灸推拿学（康复医学方向）、针灸推拿学（中医美容方向）、护理学、药学、中药学、公共事业管理、应用心理学（临床心理学方向）、药物制剂等13个本科专业及七年制中医学（中医医疗方向）、七年制中医学（中医骨伤方向）专业，有中西医临床医学、临床康复医学、中西医结合骨伤外科学、药品营销、中西医结合护理、中医美容、中药学和口腔医学等8个高职层次专业。现在校各类学生7200多人，其中研究生近400人，普通本专科生5200多人。
　　
　　学校坚持以学科建设为龙头，大力加强学科建设。我校的中医骨伤科学专业和中西医临床医学专业为全国首创专业。中医骨伤科学为国家中医药管理局重点学科，也是福建省“211工程”重点建设学科。目前全校有1个国家重点学科、1个省级重点扶持学科、4个全国继续教育基地、2个省级重点学科、4门省级精品课程、14门省级优秀课程。学校有2个博士点、15个硕士点，2个高校教师在职攻读硕士学位专业，是有权开展临床医学专业学位工作单位，是有权免试推荐优秀应届本科毕业生为硕士生的中医院校之一，也是具有开展在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位的单位。为进一步加强学科建设，新校区将建立七个学院，形成以中医、中药、中西医结合、骨伤、针灸、护理、医学信息管理系统等为重点的学科群，培养中医药和中西医结合医学本科、研究生层次人才、开发应用中医药和中西医结合等学科的高新技术成果，一个新的学科群将在这里崛起。
　　
　　2002年12月，国家教育部对福建中医学院本科教学工作进行评估，评估结论确定为“优秀”。
　　
　　2003年，福建省政府启动以学科建设为核心的重点高校建设，学校被列为省重点大学建设的8所高校之一。
　　
　　在临床教学基地建设方面，建立了医教研一体化的临床教学基地网络。目前，学校共有临床医学院2家，非直属附属医院3家、教学医院18家、实习医院12家。临床实习基地床位总数15904张。
　　
　　在科学研究方面，自“九五”以来，学校中标课题654项，其中部、省级以上71项；获奖项目43项，其中部、省级以上26项。目前在研课题322项。经络研究、中医骨伤研究、中医“证”的研究、中西医老年病研究和台湾中医药信息研究等在全国处于领先地位。其中经络研究被国家列入科研最高级别的“攀登计划”：“吞水音图”研究，曾获得14届日内瓦国际发明展览会金牌和国家发明三等奖。发表学术论文1476篇，出版学术著作58部。目前，学校拥有国家临床药理基地1个，国家局级医疗中心3个，国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个，二级实验室15个；省级重点专科13个，省级重点实验室3个，省级基础课教学实验室5个。学校出版的刊物《福建中医学院学报》、《福建中医药》、《高等中医教育研究》等学术期刊，其中《福建中医学院学报》为首届全国中医药优秀期刊、福建省高校学报优秀期刊、福建省优秀科技期刊；《福建中医药》为全国中文核心期刊、全国优秀科技期刊、华东地区优秀期刊、福建省优秀科技期刊。
　　
　　在师资队伍建设方面，通过在职培养和积极引进，教师队伍的职称结构、年龄结构、学历结构和学缘结构不断得到优化。全校教职员工、医护和科研人员近2000人，具有副高以上职称的专业人员400多名，其中正高100多名，博士研究生导师、硕士研究导师222人；有国家级名老中医学术继承人指导老师10名，国家有突出贡献中青年专家3人，省优秀专家10人，享受国务院津贴专家44人，入选省“百千万人才工程”19名，省卫生系统跨世纪学术与技术带头人后备人选9名。目前，我校35岁以下青年教师中具有博士学位、硕士学位的比例达到60%，中医药主干学科青年教师中具有博士学位、硕士学位的比例达到86%.
　　
　　在办学条件方面，学校现有两个校区，占地面积787921.2万平方米，建筑面积21万平方米，固定资产总值3.9亿元，实验设备总值11667万元。学校图书馆拥有包括文献资源、电子资源和网络资源在内的馆藏体系，具备新一代的网络存储架构“SAN架构”，存储容量达到2TB.目前馆藏图书达52.2万册，其中电子图书15万册，台湾中医药图书3000余册。图书馆也是中国中医药文献检索中心福建分中心、福建省中医药文献信息检索中心。新校区已完成第一期工程建设，目前已进驻学生1500人。
　　
　　在对外对台教育与交流方面，学校利用中医药特色和地理优势，积极开展对外教育和交流，成为中医药对外交流培训的一个基地。学校已逐步形成本科、硕士、博士以及短期培训等多方位、多层次的对外对台教育办学格局。目前在校外台生200多人，其中90%为台湾学生。1998年教育部批准福建中医学院有权单独对台招收本专科学生和研究生。1988年以来，学校共举办了8届国际性传统医学学术研讨会、9届“海峡两岸中医药学术研讨会”。到学校进修培训的有来自二十几个国家和地区200多批近1000人次的学员。同时，先后派出150多个代表团，有专家、教授近300人次前往美、德、奥、日、韩、新、马、泰等二十几个国家和台湾、香港、澳门等地区进行考察、讲学、医疗和学术交流，扩大了学校在海外的影响，为中医走向世界做出了贡献。
　　
　　在精神文明建设方面，学校深入持久地开展创建文明学校的活动，注重提高师生的思想素质和文明素养，营造良好的校风、学风，全面推进素质教育。从1998至今，学校已连续三届被福建省委、省政府授予福建省“文明学校”称号。
　　
　　学校还有福建中医学院附属人民医院、福建中医学院附属第二人民医院两所附属医院（即临床医学院），有福州市中西医结合医院、厦门市中医院、泉州市中医院等3家非直属附属医院，1家福建省中医药研究院。
　　
　　在新的发展阶段，学校以十六大精神和“三个代表”重要思想为指导，坚持“面向现代化、面向世界、面向未来”，进一步更新观念，与时俱进，锐意改革，开拓进取，朝着把学校建设成为以中医药教育为主体，与现代科学技术相结合，多学科协调发展；以本科教学为基础，积极发展研究生教育；立足福建省、面向台港澳、面向东南亚、面向全世界，具有高水准和鲜明办学特色的新型中医药大学的奋斗目标前进。